JINT wordt bestuurd door de Vlaamse overheid en het Vlaams jeugdwerk in een co-managementstructuur. Die krachtenbundeling tussen overheid en jeugdwerk zorgt voor een permanente wisselwerking in de uitbouw van JINT. 

De Algemene Vergadering bestaat uit minstens 9 jeugdwerkers, aangeduid door de Vlaamse Jeugdraad, en 3 ambtenaren van het Ministerie van de Vlaamse Gemeenschap. Daarnaast kan de Algemene Vergadering zelf nog 6 bijkomende leden opnemen.

De Raad van Bestuur staat in voor het dagelijks beheer en is samengesteld uit 4 jeugdwerkers en 3 ambtenaren.

Een overzicht van alle leden van de Raad van Bestuur en de Algemene Vergadering.